کتابخانه مرکزی نیز از جمله واحدهایی است که دانشجویان باید به منظور انجام تسویه حساب خود به آن مراجعه نمایند. بدین منظور ابتدا دانشجویان می‌بایست درخواست تسویه حساب خود را بصورت الکترونیکی ارسال نمایند. پس از آن با مراجعه حضوری به کتابخانه مرکزی عضویت خود را غیرفعال نموده و نسبت به تسویه حساب نهایی اقدام نمایند. بنابراین لازم است دانشجویان تمامی کتاب‌های امانتی خود را بازگردانند. مراحل تسویه حساب به شرح زیر است:

دانشجویان کارشناسی: تحویل تمامی کتب امانتی خود به کتابخانه مرکزی  مراجعه به بخش امانت (خانم منصوری) جهت تسویه حساب

دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری: ثبت پایان نامه در کتابخانه دیجیتال و کسب تایید و امضا از کارشناس کتابخانه دیجیتال، تحویل یک نسخه پایان‌نامه، یک عدد لوح فشرده (شامل فایل پایان‌نامه با دو فرمت DOC و PDF) و فرم (تحصیلات تکمیلی شماره 15) به بخش مرجع (خانم غزنوی) و کسب امضاء کارشناس بخش مرجع   تحویل تمامی کتب امانتی خود و فرم (تحصیلات تکمیلی شماره 15) امضا شده به بخش امانت (خانم منصوری) جهت تسویه حساب

تمامی افراد عضو و غیر عضو کتابخانه می‌بایست تسویه حساب کتابخانه مرکزی دانشگاه خلیج فارس را انجام دهند.